Sekolah ini dinamakan SK Permatang Raja sempena nama Kampung Permatang Raja. Tapak asal sekolah ini berkeluasan 6 ekar telah diperuntukkan pada sekitar tahun 1950-an.
Sekolah ini terletak kira-kira 48km dari Taiping dan 12km dari Pantai Remis. Sekolah ini mula dibina oleh kerajaan pada tahun 1998 dan telah siap pada tahun 2000. Terdapat tiga buah blok bangunan dan sebuah kantin didirikan. Selain itu sebuah padang yang luas juga telah disediakan bertujuan untuk membolehkan murid-murid menjalankan aktiviti sukan dan permainan.
Sekolah ini mula beroperasi pada awal Januari 2001 dengan mempunyai 12 buah bilik darjah. Guru besar pertama berkhidmat di sekolah ini ialah En. Shahidan Hadzri B. Ahmad (Jan 2001—Dis 2003). Kini jawatan guru besar disandang oleh En. Noor Azman B. Mohd Noor yang memulakan tugasnya mulai Oktober 2010.